Visi Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas II Biak yakni Mewujudkan Pintu Masuk Negara dan Wilayah yang Bebas Penyakit dan Faktor Risiko.

Misi Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas II Biak yakni:

1. Meningkatkan deteksi dini dan respon penyakit dan faktor risiko;
2. Meningkatkan kualitas kesehatan lingkungan dan alat angkut di pintu masuk negara;
3. Meningkatkan tata kelola kegiatan yang bersih dan akuntabel;
4. Peningkatan Sumber Daya Manusia.

Sasaran Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas II Biak yaitu :

1. Meningkatnya Pelayanan Kekarantinaan di pintu masuk negara dan wilayah
2. Meningkatnya dukungan dan pelaksanaan tugas teknis lainnya